Subsecretarías y Direcciones
Direcciones Provinciales
| Azuay | Bolívar |
| Cañar | Carchi |
| Chimborazo | Cotopaxi |
| El Oro | Esmeraldas |
| Guayas | Imbabura |
| Loja | Los Ríos |
| Manabí | Morona Santiago |
| Napo | Orellana |
| Pastaza | Pichincha |
| Santa Elena | Santo Domingo de los Tsáchilas |
| Sucumbíos | Tungurahua |
| Zamora Chinchipe | Galápagos |
Subsecretaría de Calidad Ambiental
Dirección Nacional de Prevención de la Contaminación Ambiental
Dirección Nacional de Control Ambiental
Subsecretaría de Cambio Climático
Dirección Nacional de Adaptación al Cambio Climático
Dirección Nacional de Mitigación al Cambio Climático
Subsecretaría de Gestión Marina y Costera
Dirección de Normativa y Proyectos Marinos Costeros
Dirección de Asesoría Jurídica
Dirección Administrativa Financiera
Dirección de Gestión de Coordinación Marina y Costera
Subsecretaría de Patrimonio Natural
Dirección Nacional de Biodiversidad